宋景定元年（1260年），忽必烈即大汗位。至元八年（1271年），朝廷设置总制院（后改为宣政院）统一管理全国佛教事务和藏族地区的政教事务。宣政院下设3个宣慰使司都元帅府，其中“吐蕃等路宣慰使司都元帅府”简称“朵甘思宣慰司”，具体负责现今昌都市、四川省甘孜州等藏区的军政事务。当时，吐蕃等路宣慰使司都元帅府所辖的地方机构有14个，其中在今昌都芒康等地设置亦思马儿甘万户，达鲁花赤1员，万户2员，管辖今昌都市的芒康、贡觉、类乌齐、丁青等县。

　　明洪武元年（1368年），朱元璋在南京称帝，建立明朝。明朝建立之时，重视对全藏的治理，并采取“多封众建，尚用僧徒，分而治之”的统治政策，加强对全藏区的控制。为了管理全藏区，明朝在河州设西安行都指挥使司，下辖河州卫、朵甘卫、乌思藏卫。洪武七年（1374年）朵甘卫升为朵甘行都指挥使司，下设2个宣慰司、1个元帅府、4个招讨司、13个万户府、4个千户所。其辖境包括今昌都市。永乐五年（1407年），朵甘行都指挥使司下辖6个招讨司，其中的“磨儿勘招讨司”治所在今昌都市芒康县一带；所设万户府中的“乃竹”万户府治所在今昌都市贡觉县境内；所设千户府中的“纳竹”千户治所在今卡若区拉多乡一带。明朝为了保证康藏驿站的畅通，于永乐十三年（1415年）又增设“上邛部卫”，命头目掌巴伯为指挥使，其治所在今昌都丁青县。

　　清康熙五十八年（1719年），康熙皇帝派兵进藏。不久“乍丫”、“叉木多”、“擦哇”等三处呼图克图将“所属喇嘛、民人等户口，会造总册投递”，向清军表示“归顺”。清朝通过分封僧俗领主，加强对康区的统治。从康熙年间起，陆续分封昌都的帕巴拉、察雅的罗登西饶、类乌齐的帕曲、八宿的达察济隆等僧俗首领，协助朝廷统治地方。雍正九年（1731年），藏北及昌都一带三十九族归驻藏大臣管理，设章京一员，约束地方。

　　清末，赵尔丰在昌都地区的一些地方实行“改土归流”，并根据“地足以养其民，民足以养其官”的原则奏请建置府、州、县治。宣统二年（1910年）改置察木多理事官，由川滇边务大臣管理。同年，将察木多改为昌都府，乍丫改为察雅县，恩达、八宿合并设为恩达县，类乌齐在西藏未定界前，暂归该县管辖，将桑昂曲改为科麦县，杂瑜改为察隅县，贡觉改为贡县，江卡改为宁静县，均隶属于昌都府。

　　宣统三年（1911年）辛亥革命爆发，昌都地区的清军闻讯响应，改组边军，推举顾占文为临时督军，下分三标，任命彭日升、刘赞廷、牛运隆为标统，分别驻扎在昌都、江卡（宁静）及德格。同年，彭日升率军3000人驻守昌都。

　　民国元年（1912年），孙中山就任中华民国临时大总统，宣布“合汉、满、蒙、回、藏诸族为一家，是曰民族之统一”。随后袁世凯上台，设立了蒙藏事务处，加强对西藏的管理。民国2年（1913年），设川边特别行政区，昌都地区属其管辖。同年，西藏地方政府在昌都置朵麦基巧府，设总管1名总揽昌都地区的军政事务。总管多由噶伦一级官员担任，故昌都总管府也称之为“昌都噶厦”。总管任期一般为4年。其下设有四品僧官“堪穷”1名，四品俗官“仁西”1名，他们分别管理朵麦基巧内部日常事务。下辖“噶仲”秘书长1名，掌理机要文书。“噶雪卓尼”1名，执掌接待贵宾与对外事宜。侍卫官1名，负责总管的安全保卫工作。除此之外，还设有若干名僧俗办事人员。在朵麦基巧之下还有1个叫“颇康”的粮台机构，专司征收全地区粮赋及军官薪饷发放事宜，设四品僧俗粮员各1名负责，任期一般为3年。