藏医学的形成和发展过程，许多藏医学家积累一生的丰富经验，形成了独特的病因学说。就病因而言，有几种分类方法。《四部医典》第八章中记载：发病的总因，由于没有正确地理解无我的本性，从而产生了无明；犹如鸟儿自由的在空中翱翔，但它和自己的影子始终不能离开。一切众生虽然安乐的生活着，但是，由于无明而产生的贪欲、瞋怒、痴愚三毒之故，使“龙”、“赤巴”、“培根”失调就产生了三种疾病。

　　由于破坏了“龙”、“赤巴”、“培根”三者的平衡状态而产生了疾病，危害着身体，“赤巴”紊乱时，身体的元气就要受到燃烧之害。因为它的本性属火，虽然位于身体的下部，然而也能向上燃烧，所有的热症均由它产生。“培根”紊乱时，身体就要降温，因为它的本性是属于土和水，沉重而凉，虽然位于身体的上部，然而也能向下坠落，一切寒症都是由它产生。“龙”具有寒热两者的性能，当有太阳时，则成为燃烧身心元气的伙伴；当有月亮时，则成为寒冷的伙伴；因此，“龙”在身体上下、内外各处运行着，是寒热紊乱的主因，所以，“龙”是产生一切疾病的总原因。另外，藏医古代医书《医学宝库》中对疾病的根因是“培根”，疾病的发病头是“龙”，疾病病毒是“赤巴”等三大因素方面记载详细，而且具有相当的科学水平。

　　它对发病的多种起因，进行了归纳；时令、邪气（意外）、饮食、起居等均能影响疾病。藏医认为，六门之中某些疾病侵入皮肤，进而扩展至肌腠，向里行进入血脉，再向里进入骨骼，有的降至五脏，有的坠入六腑。“培根”依于脑，处于上体；“赤巴”依于肝、胆，处于身体中部；“龙”依于腰胯，处于身体的下部。这些理论对医生思考治疗病情很有益处。它还简述了三大因素运行的通道，“龙”运行的通道是骨骼、耳朵、心脏、大肠。“赤巴”运行的通道是血、汗、眼睛、肝脏、胆及小肠。“培根”运行的通道是精微、血、肉、脂、髓、精液、尿、耳、舌、肺脏和脾脏、胃、肾、膀胱。