西藏自治区藏医药研究院的前身是藏医院藏医药研究所，始建于1974年。当时仅由8位老藏医组成，主要任务是抢救和整理“文革”中被破坏和丢失的重要藏医药古典著作。在此期间，藏医院藏医药研究所通过各种方法和途径收集、整理了大量的藏医药孤本、珍本等古籍文献，这就为以后的藏医药学精华的继承、整理挖掘和开发奠定了良好的基础。

　　党的十一届三中全会以后，党和政府十分重视藏医药的继承和发展，1980年将拉萨市藏医院改为西藏自治区藏医院，并先后投资2000余万元进行改扩建，使藏医学得到了迅速的发展。随着医院的发展和壮大，藏医药研究所亦有了相应的发展。80年代初，原研究小组正式改为自治区藏医院藏医药研究所。

　　研究所自成立以来，从无到有，从小到大，从弱到强，经历了26个春秋。几十年来，国家及政府有关部门从未给研究所的基础设施建设进行过投资，也从未给研究所拨过任何科研专项经费，仅靠藏医院自筹经费建设了实验楼，购置了必要的试验设备。在实验条件差、研究人员缺乏等重重困难下，研究所却一次次出色地完成了国家科委、中医药管理局、自治区科委等有关部门的重大科研项目。

　　他们一面培养入才，一面与内地科研院所合作，开展了大量的研究工作，取得了丰硕的成果，产生了极大的影响。目前，研究所已有高级职称6名、中级职称10名、初级职称4名，并且有一定规模的研究基地和一批高精尖的研究设备，具备了较强的藏医药科研和开发能力。先后完成了二十几项国家级、自治区级科研项目，为藏医药的文献研究及药物研究打下了坚实的基础，开拓了良好的前景，创造出了一定的社会效益和经济效益。