从整体上来说西藏苯教发展的历史可以分为两大阶段：一是原始苯教阶段，另一个是雍仲苯教阶段。顾名思义，原始苯教就是西藏本土的原始宗教，它是佛教传入青藏高原之前的原始信仰。这种信仰具有浓厚的地方和民族特色。与之相对应的就是雍仲苯教，它是以西藏本土宗教信仰为基础的在佛教或其它古代中西亚地区宗教相互影响下产生的一种宗教。
        苯教号称西藏本土原始宗教，它有很多自己独特的宗教教理、仪轨、传承宗派及发展历史。原始苯教所实践的衣柜数量庞大、名目繁多。原始苯教祭祀名称都与“苯”一词有密切关系。这些名称充分说明了它的原始苯教文化内涵。佛教传入吐蕃之前吐蕃本土祭祀文化早已相当丰富。这些祭祀文化早已相当丰富。这些祭祀分化不仅是后来雍仲苯教扎根、发芽、成长的沃土，也是佛教丰富发展自己仪轨的基础。苯教教史中把五花八门的苯教内容归纳为两大类，即“因苯”和“果苯”，“因苯”即“四门”，“果苯”即“五库”。聂赤赞普之前包括聂赤赞普时期，吐蕃盛行因苯。当时盛行的苯教也叫“十二智慧苯教”。它们分别是衮西拉苯、雍西恰苯、桌西律朵、堆西斯辛、藏西色德、着西达吉、番西曼吉、贵西则肯、乍西朵古、顶西夏瓦、普西菊特、桌西垂苯。这十二种又可归纳为四门“恰辛”“朗辛”“斯辛”“垂辛”。
        恰辛，又可分两个部分，“朵”和“基”。因冷热不均而导致疾病的一般要通过“基”和药来治疗，而众生因邪魔等造成的障碍药通过卜卦和“朵”仪轨进行驱逐障碍。根据目前的藏医理论，“基”的具体内容包括放血、针灸、火灸和药浴等。而“朵”纯属宗教仪轨，根据苯教典籍，“朵”又可以分三百六十种。目前，在苯教徒种很难看到真正掌握和运用这种繁琐的朵仪轨者。
        “朗辛”分四个吟诵，内部又分四十二个酬谢仪轨。四个吟诵分别是供奉神灵之仪轨、净洁和洗浴之仪轨、塌和绿仪轨、恰央仪轨。四个仪轨各又分十种仪轨，加之两个“年波”仪轨供有四十二种仪轨。
        “垂辛”，也叫“度辛”，通过修行和魔法或兼而有之保护雍仲苯之教义，凑集肉血等必要供品来进行征服魔鬼和恶鬼等鬼神之仪轨。“斯辛”，针对八十一种不同的死因，要进行四十种“度”仪轨，三百六十种具体操作法。关于这种“度”仪轨的具体操作目前很难解释清楚，也很少找到实践这种仪轨的专职人员。根据现存的苯教资料来看，“度”仪轨主要是指引导亡灵进行超脱的一种仪式。

        西藏发展苯教的第二个阶段就是从其西部的阿里地区向中部吐蕃腹地传播雍仲苯教开始的。雍仲苯教传入吐蕃的时间要比佛教传入吐蕃要早几个世纪。相传吐蕃第一个藏王聂赤赞普的儿子穆赤赞普时期雍仲苯教从阿里传入吐蕃腹地。根据藏文史料记载，从藏王聂赤赞普到松赞干布整整过了三十二代王。所以，穆赤赞普生活的年代大致可以断定为公元前一世纪左右。雍仲苯教不是属于原始宗教，它是相对理论化的宗教，也是原始苯教基础上发展起来的一种宗教。它也有自己的创始人。根据本教史料记载，雍仲苯教的创始人叫敦巴辛绕米沃齐。他出生在大食国的沃穆隆仁地方。他创立了雍仲苯教，并亲自到四处传播。他还亲自到过西藏，从阿里经日喀则来到工布地区。根据苯教历史文献记载，阿里地区曾经是盛行雍仲苯教的地区，从那里把雍仲苯教传播到吐蕃腹地。从而把雍仲苯教扎根于吐蕃，并延续至今。
        发展之后雍仲苯教的核心内容是密宗修练。传承体系是密宗修行中最重要的一个组成部分。在雍仲苯教密宗传入吐蕃腹地过程中，吐蕃第二代赞普穆赤赞普本人发挥了重要作用。在整个密宗传承中穆赤赞普占据举足轻重的地位。苯教密宗主要有九大本尊修行传承。穆赤赞普从象雄邀请了百余苯教大师，大规模修建苯教修炼道场，大力弘扬和扶持雍仲本教。
        雍仲苯教在吐蕃腹地得到了王室贵族们的支持同时，雍仲苯教得到了长足的发展，并且在吐蕃腹地拥有了很多道场和信徒，使得赞普王廷逐渐难以控制苯教力量。到了第八代赞普止贡赞普时期，古辛和大臣们的矛盾已发展到相当激烈程度，以至于最后止贡赞普下令驱逐苯教辛波，毁灭苯教典籍等。
        虽然雍仲苯教暂时在吐蕃腹地受到了挫折，但是修建大规模苯教塞康神殿的行为还是延续了下来。自吐蕃第二代赞普穆赤赞普开始每个赞普都在自己的古辛的设计和操作下修建了自己的塞康神殿。这种王室成员修建塞康神殿的历史一直延续到吐蕃的最后赞普时期。
        佛苯之争
        自松赞干布时期佛教正式传入吐蕃开始，经过近两个世纪的努力，公元8世纪中叶佛教终于在吐蕃赢得了一席之地。佛教跟早期的雍仲苯教一样首先在吐蕃王室成员中赢得了支持，包括一些重要大臣在内。赤松德赞时期，通过迎请静护大师和莲花生大师到吐蕃传教，并铲除了支持苯教的尚伦玛尚仲巴杰等后，在山南建起了桑耶寺，并大规模翻译佛经。这样的背景下，佛苯两教斗争越来越激烈，最终导致了赞普下令驱逐苯教大师的结局。