西藏藏医学院的前身是1983年创办的西藏藏医中等专业学校，1989年9月3日西藏大学藏医学院正式成立。1993年国家教委正式批准单独设立西藏藏医学院。至此，传统藏医药教育不但列入了国家高等医药学教育的行列，亦成为国内外第一所培养高层次藏医药专业人才的教育基地和科研中心，是具有藏医学硕士学位授予资格的高等院校之一，曾荣获“全国党建与思想政治工作先进高等学校”、“西藏自治区首批精神文明学校”等荣誉称号。 

　　西藏藏医学院坐落于西藏自治区首府拉萨，位于雄伟的布达拉宫东北侧。占地面积82133平方米，建筑面积17411.38平方米。现有教学楼、行政办公楼、图书馆、住宿楼、生活小区、临床授课、见习、实习的专家门诊部、藏药厂、藏医专业实验室、西医实验窒和体育运动场所等。全院现有教职员工140人。

　　学院图书馆内珍藏有藏医药学、天文星算学、藏学（大藏经）等古籍文献以及文学、艺术、社会科学等方面的书籍和各种中外资料、藏文期刊；有80幅独具特色的传统藏医药唐卡挂图；同时，珍藏了近千种药用动物、植物、矿物标本和藏成药标本等，在藏医药专业实验室内珍藏着全套藏医药传统医疗机械。

　　根据西藏自治区人民政府确定的“全面贯彻教育方针，从西藏实际出发，坚持以藏医教育为主，以继承为主，在继承的基础上发展，积极创造条件，逐步加强与现代科学技术相结合；以教学为中心，采取多层次、多规格、多渠道的办学形式，面向区内外招生，为西藏和兄弟省区的现代化建设培养合格的各级藏医药专业人才”的办学指导思想，结合实际，设有教学机构：教务处、藏医药系、培训部、藏医药研究所、专家门诊部、藏药厂，同时，设立了藏医基础教研室、藏医临床教研室、藏药教研室、天文历算教研室、西医教研事等。